机柜前部的气帘易碎，并且很容易被与之平行的人员打开，通过打开的窗户，送风装置或实验室设备（例如真空泵，离心机）产生空气流动。生物安全柜应按照加拿大标准协会（CSA）生物安全柜（I类和II类）：安装和现场测试中列出的要求进行安装。它们应远离高流量区域，门和供气/排气格栅，可能会中断气流模式。机柜顶部的排气口与顶部障碍物之间应**少保持40 cm的畅通无阻距离。在可能的情况下，应在机柜的每一侧提供30厘米的间隙以便维修。对于管道式机柜，排气系统上的鼓风机应位于管道系统的末端; 排气流失败应向用户发出警报。为防止机柜受压，应安装联锁系统，以防止机柜鼓风机在排气流量不足时工作; 可能需要防回流装置来防止反向气流通过HEPA过滤器。
生物安全柜的连续操作有助于控制实验室中的灰尘水平和其他空气中的微粒。如果生物安全柜仅在需要时才运行以节约能源，则必须考虑实验室空气的平衡。在某些情况下，室内排气是平衡的，包括通过管道生物安全柜排出的空气，并且这些机柜不得关闭。
不建议向生物安全柜提供天然气。生物安全柜中的明火会产生湍流，破坏气流模式并可能损坏HEPA过滤器。如果不可能使用合适的替代品（例如一次性无菌环，微型焚化炉），可以使用具有指示灯以根据需要提供火焰的触板微燃烧器。
