超净台的位置将由工作流在干净工作台内部和外部的工作流程以及它与其他操作的接口方式来决定。此外，超净台应远离明显的风口，以及风速超过每分钟100英尺（与HEPA过滤器相同的气流速度）的区域。如果外部空气直接吹向超净台，则会吹入设备并污染空间。
HEPA过滤器周围应有负压，HEPA过滤器的位置应符合未来的维修需求。应考虑任何可能影响将工作台带入空间的物理限制，例如门，走廊和其他设备。
超净工作台可以在洁净室或其他洁净空间内使用。100,000级（ISO 8）或10,000级（ISO 7）洁净室可以包括超净台以创建100级（ISO 5）甚**10级（ISO 4）区域。随着周围空间的清洁，超净台表现更好。HEPA过滤器处理的微粒污染明显较少，而且环境污染较小，可能会渗入工作区域。
