净化工作台的放置位置将取决于工作流进入，超净工作台的内部，内部以及外部，以及工作流将如何与其他操作交互。此外，超净工作台的位置应远离明显的气流，以及风速将超过每分钟100英尺（从HEPA过滤器出来的气流速度相同）的区域。如果外部空气直接吹向超净工作台，它将吹入设备并污染空间。HEPA过滤器周围应有负压，并且HEPA过滤器的位置应与将来的维修需求兼容。应考虑可能影响将长凳带入空间的任何物理限制，例如门，走廊和其他设备。
洁净室工作台可在洁净室或其他洁净空间内使用。100,000级（ISO 8）或10,000级（ISO 7）洁净室可包括净化工作台，以创建100级（ISO 5）甚至10级（ISO 4）区域。干净的工作台可以使周围的环境保持清洁。HEPA过滤器处理的颗粒污染物明显减少，威胁进入工作区域的环境污染物也更少。
